Öko-Auditor*innen führen in Unternehmen, Institutionen und Organisationen sogenannte Öko-Audits, das sind Umweltbetriebsprüfungen durch. Diese sind nach der europäischen Öko-Audit-Verordnung gesetzlich geregelt und standardisiert. Öko-Auditor*innen prüfen die Einhaltung der gesetzlich vorgeschriebenen Richtlinien zu Umweltschutz, Abfall- und Abwasserentsorgung und Recycling und führen zu diesem Zweck verschiedene Messungen und Tests durch, z. B. messen sie Emissionswerte zur Luftverschmutzung aus Industrieschornsteinen. Sie ermitteln bzw. kontrollieren Ökobilanzen und stellen Prüf-Bescheinigungen und Zertifikate aus.
Öko-Auditor*innen arbeiten vorwiegend bei Kammern, Ministerien und Umweltämtern sowie in Sachverständigenbüros oder Ingenieurbüros für Umwelttechnik. Sie arbeiten sowohl eigenständig, als auch im Team und im Austausch mit verschiedenen Fachkräften und Spezialist*innen.